資料圖片：馬英九
據臺灣“今日新聞”報道，馬英九25日出席臺軍2009年度重要干部研習會時表示，兩岸的交流其實不止于經濟貿易和文化教育的交流，一定也會觸及包括政治和軍事的議題。
但他也強調，目前不會那么快處理敏感政軍問題的談判，一方面是時機未到，一方面是目前仍有太多有關民生問題需與大陸達成協議。
他說，要等到讓民眾需求得到滿足后，才會進一步展開政治與軍事的談判。
此外，馬英九表示，美國總統奧巴馬亞洲行代表的是美國高度重視大陸的崛起，金融海嘯帶來的新時勢是大陸成為美國最大債權人，美國和大陸雙方密切合作，已經成為一個必然。
他說，美國亞太新策略就是高度重視大陸的崛起，在許多全球性議題，包括氣候變遷、反恐、防止武器擴散，這些議題上，美國必須要得到大陸協助，才能有效的在這些議題上達成這些目標。
馬英九認為，從冷戰結束之后，以談判取代沖突，以合作取代對抗，已成為國際事務發展的主流，怎樣來增進和平，防止沖突，變成重要的課題。
他表示，臺軍目前備戰并不是為了作戰，而是防止戰爭的發生。在臺軍精實戰力之際，應朝向小而精、小而強、小而巧的建軍備戰思維，并且在兩岸沒有立即戰爭威脅下進行改革，創造最大的防務優勢。
